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Research Article

The Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences

  • Olivier Arnaiz,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Nathalie Mathy,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Céline Baudry,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Sophie Malinsky,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

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  • Jean-Marc Aury,

    Affiliation: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France

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  • Cyril Denby Wilkes,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Olivier Garnier,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

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  • Karine Labadie,

    Affiliation: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France

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  • Benjamin E. Lauderdale,

    Affiliation: Methodology Institute, London School of Economics, London, United Kingdom

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  • Anne Le Mouël,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

    Current address: UMR7216 Epigénétique et Destin Cellulaire, CNRS, Université Paris-Diderot/Paris 7, Paris, France

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  • Antoine Marmignon,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Mariusz Nowacki,

    Affiliation: Institute of Cell Biology, University of Bern, Bern, Switzerland

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  • Julie Poulain,

    Affiliation: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France

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  • Malgorzata Prajer,

    Affiliation: Department of Experimental Zoology, Institute of Systematics and Evolution of Animals, Polish Academy of Sciences, Krakow, Poland

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  • Patrick Wincker,

    Affiliations: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France, Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), UMR 8030, CP5706, Evry, France, Université d'Evry, Evry, France

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  • Eric Meyer,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

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  • Sandra Duharcourt,

    Affiliation: Institut Jacques Monod, CNRS, UMR 7592, Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France

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  • Laurent Duret,

    Affiliation: Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, UMR 5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne, France

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  • Mireille Bétermier mail,

    mireille.betermier@cgm.cnrs-gif.fr (MB); linda.sperling@cgm.cnrs-gif.fr (LS)

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Linda Sperling mail

    mireille.betermier@cgm.cnrs-gif.fr (MB); linda.sperling@cgm.cnrs-gif.fr (LS)

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Published: October 04, 2012
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002984

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