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Research Article

Organised Genome Dynamics in the Escherichia coli Species Results in Highly Diverse Adaptive Paths

  • Marie Touchon equal contributor,

    equal contributor Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

    Affiliations: Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France, Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • Claire Hoede equal contributor,

    equal contributor Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Olivier Tenaillon equal contributor,

    equal contributor Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Valérie Barbe,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Simon Baeriswyl,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Philippe Bidet,

    Affiliation: Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

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  • Edouard Bingen,

    Affiliation: Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

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  • Stéphane Bonacorsi,

    Affiliation: Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

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  • Christiane Bouchier,

    Affiliation: Plate-Forme Génomique, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Odile Bouvet,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Alexandra Calteau,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Hélène Chiapello,

    Affiliation: UR1077 Mathématique, Informatique, et Génome, INRA, Jouy en Josas, France

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  • Olivier Clermont,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Stéphane Cruveiller,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Antoine Danchin,

    Affiliation: Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • Médéric Diard,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Carole Dossat,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Meriem El Karoui,

    Affiliation: UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France

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  • Eric Frapy,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France

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  • Louis Garry,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Jean Marc Ghigo,

    Affiliation: Unité de Génétique des Biofilms, Institut Pasteur, CNRS URA2172, Paris, France

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  • Anne Marie Gilles,

    Affiliation: Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • James Johnson,

    Affiliations: Veterans Affairs Medical Center, Minneapolis, Minnesota, United States of America, Department of Medicine, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota, United States of America

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  • Chantal Le Bouguénec,

    Affiliation: Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Mathilde Lescat,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Sophie Mangenot,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Vanessa Martinez-Jéhanne,

    Affiliation: Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Ivan Matic,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Xavier Nassif,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France

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  • Sophie Oztas,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Marie Agnès Petit,

    Affiliation: UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France

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  • Christophe Pichon,

    Affiliation: Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Zoé Rouy,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Claude Saint Ruf,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Dominique Schneider,

    Affiliation: Université Grenoble 1 Joseph Fourier, CNRS UMR 5163, Grenoble, France

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  • Jérôme Tourret,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Benoit Vacherie,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • David Vallenet,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Claudine Médigue mail,

    cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Eduardo P. C. Rocha mail,

    cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

    Affiliations: Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France, Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • Erick Denamur mail

    cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Published: January 23, 2009
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1000344

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