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Research Article

The Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences

  • Olivier Arnaiz,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Nathalie Mathy,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Céline Baudry,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Sophie Malinsky,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

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  • Jean-Marc Aury,

    Affiliation: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France

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  • Cyril Denby Wilkes,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Olivier Garnier,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

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  • Karine Labadie,

    Affiliation: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France

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  • Benjamin E. Lauderdale,

    Affiliation: Methodology Institute, London School of Economics, London, United Kingdom

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  • Anne Le Mouël,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

    Current address: UMR7216 Epigénétique et Destin Cellulaire, CNRS, Université Paris-Diderot/Paris 7, Paris, France

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  • Antoine Marmignon,

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Mariusz Nowacki,

    Affiliation: Institute of Cell Biology, University of Bern, Bern, Switzerland

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  • Julie Poulain,

    Affiliation: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France

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  • Malgorzata Prajer,

    Affiliation: Department of Experimental Zoology, Institute of Systematics and Evolution of Animals, Polish Academy of Sciences, Krakow, Poland

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  • Patrick Wincker,

    Affiliations: Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France, Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), UMR 8030, CP5706, Evry, France, Université d'Evry, Evry, France

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  • Eric Meyer,

    Affiliations: Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France, INSERM, U1024, Paris, France, CNRS, UMR 8197, Paris, France

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  • Sandra Duharcourt,

    Affiliation: Institut Jacques Monod, CNRS, UMR 7592, Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France

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  • Laurent Duret,

    Affiliation: Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, UMR 5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne, France

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  • Mireille Bétermier mail,

    mireille.betermier@cgm.cnrs-gif.fr (MB); linda.sperling@cgm.cnrs-gif.fr (LS)

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Linda Sperling mail

    mireille.betermier@cgm.cnrs-gif.fr (MB); linda.sperling@cgm.cnrs-gif.fr (LS)

    Affiliations: CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France, Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France, CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France

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  • Published: October 04, 2012
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002984

About the Authors

Olivier Arnaiz, Nathalie Mathy, Céline Baudry, Cyril Denby Wilkes, Antoine Marmignon, Mireille Bétermier, Linda Sperling
CNRS UPR3404 Centre de Génétique Moléculaire, Gif-sur-Yvette, France
Olivier Arnaiz, Nathalie Mathy, Céline Baudry, Cyril Denby Wilkes, Antoine Marmignon, Mireille Bétermier, Linda Sperling
Département de Biologie, Université Paris-Sud, Orsay, France
Olivier Arnaiz, Nathalie Mathy, Céline Baudry, Cyril Denby Wilkes, Antoine Marmignon, Mireille Bétermier, Linda Sperling
CNRS FRC3115, Centre de Recherches de Gif–sur-Yvette, Gif-sur-Yvette, France
Sophie Malinsky, Olivier Garnier, Anne Le Mouël, Eric Meyer
Ecole Normale Supérieure, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS, Paris, France
Sophie Malinsky, Olivier Garnier, Anne Le Mouël, Eric Meyer
INSERM, U1024, Paris, France
Sophie Malinsky, Olivier Garnier, Anne Le Mouël, Eric Meyer
CNRS, UMR 8197, Paris, France
Jean-Marc Aury, Karine Labadie, Julie Poulain, Patrick Wincker
Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), Institut de Génomique (IG), Genoscope, Evry, France
Benjamin E. Lauderdale
Methodology Institute, London School of Economics, London, United Kingdom
Mariusz Nowacki
Institute of Cell Biology, University of Bern, Bern, Switzerland
Malgorzata Prajer
Department of Experimental Zoology, Institute of Systematics and Evolution of Animals, Polish Academy of Sciences, Krakow, Poland
Patrick Wincker
Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), UMR 8030, CP5706, Evry, France
Patrick Wincker
Université d'Evry, Evry, France
Sandra Duharcourt
Institut Jacques Monod, CNRS, UMR 7592, Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France
Laurent Duret
Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, UMR 5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne, France

Corresponding Authors

Competing Interests

The authors have declared that no competing interests exist.

Author Contributions

Conceived and designed the experiments: MB LD SD EM SM LS. Performed the experiments: MB CB SD CDW NM SM AM MN OG ALM MP EM. Analyzed the data: OA CDW LD LS. Wrote the paper: OA MB LD SD BEL EM SM LS. Mathematical model: BEL. DNA sequencing: J-MA KL JP PW.