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Research Article

Organised Genome Dynamics in the Escherichia coli Species Results in Highly Diverse Adaptive Paths

  • Marie Touchon equal contributor,

    equal contributor Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

    Affiliations: Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France, Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • Claire Hoede equal contributor,

    equal contributor Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Olivier Tenaillon equal contributor,

    equal contributor Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Valérie Barbe,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Simon Baeriswyl,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Philippe Bidet,

    Affiliation: Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

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  • Edouard Bingen,

    Affiliation: Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

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  • Stéphane Bonacorsi,

    Affiliation: Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

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  • Christiane Bouchier,

    Affiliation: Plate-Forme Génomique, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Odile Bouvet,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Alexandra Calteau,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Hélène Chiapello,

    Affiliation: UR1077 Mathématique, Informatique, et Génome, INRA, Jouy en Josas, France

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  • Olivier Clermont,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Stéphane Cruveiller,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Antoine Danchin,

    Affiliation: Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • Médéric Diard,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Carole Dossat,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Meriem El Karoui,

    Affiliation: UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France

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  • Eric Frapy,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France

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  • Louis Garry,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Jean Marc Ghigo,

    Affiliation: Unité de Génétique des Biofilms, Institut Pasteur, CNRS URA2172, Paris, France

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  • Anne Marie Gilles,

    Affiliation: Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • James Johnson,

    Affiliations: Veterans Affairs Medical Center, Minneapolis, Minnesota, United States of America, Department of Medicine, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota, United States of America

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  • Chantal Le Bouguénec,

    Affiliation: Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Mathilde Lescat,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Sophie Mangenot,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Vanessa Martinez-Jéhanne,

    Affiliation: Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Ivan Matic,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Xavier Nassif,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France

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  • Sophie Oztas,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • Marie Agnès Petit,

    Affiliation: UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France

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  • Christophe Pichon,

    Affiliation: Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Zoé Rouy,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Claude Saint Ruf,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

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  • Dominique Schneider,

    Affiliation: Université Grenoble 1 Joseph Fourier, CNRS UMR 5163, Grenoble, France

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  • Jérôme Tourret,

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Benoit Vacherie,

    Affiliation: Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

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  • David Vallenet,

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Claudine Médigue mail,

    cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

    Affiliation: Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

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  • Eduardo P. C. Rocha mail,

    cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

    Affiliations: Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France, Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

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  • Erick Denamur mail

    cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

    Affiliation: Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

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  • Published: January 23, 2009
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1000344

About the Authors

Marie Touchon, Eduardo P. C. Rocha
Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France
Marie Touchon, Eduardo P. C. Rocha
Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France
Claire Hoede, Olivier Tenaillon, Odile Bouvet, Olivier Clermont, Louis Garry, Mathilde Lescat, Jérôme Tourret, Erick Denamur
Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France
Valérie Barbe, Carole Dossat, Sophie Mangenot, Sophie Oztas, Benoit Vacherie
Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France
Simon Baeriswyl, Médéric Diard, Ivan Matic, Claude Saint Ruf
Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France
Philippe Bidet, Edouard Bingen, Stéphane Bonacorsi
Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France
Christiane Bouchier
Plate-Forme Génomique, Institut Pasteur, Paris, France
Alexandra Calteau, Stéphane Cruveiller, Zoé Rouy, David Vallenet, Claudine Médigue
Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France
Hélène Chiapello
UR1077 Mathématique, Informatique, et Génome, INRA, Jouy en Josas, France
Antoine Danchin, Anne Marie Gilles
Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France
Meriem El Karoui, Marie Agnès Petit
UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France
Eric Frapy, Xavier Nassif
Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France
Jean Marc Ghigo
Unité de Génétique des Biofilms, Institut Pasteur, CNRS URA2172, Paris, France
James Johnson
Veterans Affairs Medical Center, Minneapolis, Minnesota, United States of America
James Johnson
Department of Medicine, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota, United States of America
Chantal Le Bouguénec, Vanessa Martinez-Jéhanne, Christophe Pichon
Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France
Dominique Schneider
Université Grenoble 1 Joseph Fourier, CNRS UMR 5163, Grenoble, France

Corresponding Authors

Competing Interests

The authors have declared that no competing interests exist.

Author Contributions

Conceived and designed the experiments: OT VB EPCR ED. Performed the experiments: VB CB OC CD LG SM SO BV. Analyzed the data: MT CH OT VB SB PB EB SB OB AC HC SC AD MD MEK EF JMG AMG JJ CLB ML VMJ IM XN MAP CP ZR CSR DS JT DV CM EPCR ED. Contributed reagents/materials/analysis tools: MT CH OT VB CM EPCR. Wrote the paper: MT CH OT JJ CM EPCR ED.